深圳市内医疗机构众多，目前拥有辅助生殖技术资质的医院共有8家，这里面大部分医院都可以为患者提供二代试管婴儿服务，其中口碑比较好的医院有北京大学深圳医院、深圳市妇幼保健院、香港大学深圳医院等等，患者可以根据医院的资质、试管成功率、费用等方面来选择自己心仪的医院进行试管治疗。
北京大学深圳医院
二代试管婴儿成功率：45%-60%
北京大学深圳医院生殖医学科成立于2000年，于2002年通过卫生部人类辅助生殖技术评审，成为当时深圳市首批获得准入的专科，同年被确定为深圳市重点医学专科。2003年被评为广东省特色专科。该科致力于各种生育功能障碍的临床诊治及相关基础研究，将现代辅助生育技术应用于临床。
深圳市妇幼保健院
二代试管婴儿成功率：45%-60%
深圳市妇幼保健院生殖医学中心位于福强院区，成立于1999年，是全市最早的同类科室之一，2006年获夫精人工授精(IUI)准入资质，2011年获体外受精-胚胎移植(IVF/ICSI)准入资质。设不孕症门诊(、B超室、男科实验室、IUI手术室及实验室、病案室、IVF实验室、取卵室及移植室等，配备有B超机、显微操纵系统、解剖显微镜、培养箱、程序化冷冻仪、全自动精浆生化仪等先进仪器设备。
香港大学深圳医院
二代试管婴儿成功率：45%-55%
香港大学深圳医院生殖医学中心，由国际知名的生殖医学专家何柏松教授，和香港大学妇产科学系临床教授吴鸿裕打造。吴鸿裕教授现任香港大学深圳医院生殖医学中心主管、顾问医生，玛丽医院辅助生育中心主管，是香港妇产科学院认可的生殖医学分科专家。
